El 16 de junio de 1768 Carlos III sancionaba esta Real Cédula, cuyo objetivo principal era regular el procedimiento y fijar unos criterios para que la Inquisición ejerciera las tareas de censura que le correspondían: prohibición de libros, publicación de bulas y edictos. Sin embargo, como se indicaba en el preámbulo, esta ley venía a aclarar y ampliar algunos puntos de otra Real Cédula anterior fechada el 18 de enero de 1762, pero que había sido suspendida por el decreto de 5 de julio de 1763. Los vaivenes y las indecisiones en la aplicación de la norma se relacionaban con el conflicto jurisdiccional e institucional que se produjo entre la Monarquía y el Santo Oficio, con el Papado en un segundo plano, y que precipitó las medidas, como veremos a continuación.
En 1748 el teólogo francés François-Philippe Mésenguy publicó en París una obra titulada Exposition de la doctrine chrétienne, que cuestionaba la infalibilidad del Papa y abogaba por reforzar el papel de los concilios en el gobierno de la Iglesia. El autor era un destacado y conocido jansenista que desplegaba el argumentario habitual contra los jesuitas y el papado. Sin embargo, la Congregación del Índice de Roma no condenó el libro hasta 1757, aunque tras someterlo a un minucioso expurgo se tradujo al italiano y se publicó en Roma y en Nápoles. Aquí fue el propio Carlos VII (futuro Carlos III al heredar el trono español en 1759) el que autorizó la edición en cinco tomos, que fueron publicados entre 1758 y 1761. La obra alcanzó una gran difusión en Italia, lo que dio lugar a un nuevo examen del contenido y a la definitiva prohibición del Catecismo de Mésenguy por el breve de Clemente XIII, fechado el 14 de junio de 1761.
El edicto de prohibición fue enviado a España y, a pesar de que el libro no había tenido una gran difusión en la península, el inquisidor general Manuel Quintano Bonifaz, con el apoyo del nuncio apostólico, decidió publicarlo sin consultar al rey o a la autoridad civil. Esto provocó el enfado de Carlos III que ordenó el inmediato destierro del inquisidor, por haber soslayado su autoridad y cuestionado su criterio. En este contexto, fue aprobada la Real Cédula de 18 enero de 1762 que prohibía al inquisidor general publicar ningún documento, bula o edicto proveniente de la Santa Sede sin la expresa autorización del rey; obligaba al nuncio a entregar todos los breves a las autoridades civiles; obligaba a examinar de nuevo el impreso si era un libro prohibido; y, por último, si procedía prohibir el libro antes había que citar a los interesados y escuchar su defensa. Esta cédula era complementaria de la Pragmática Sanción que aprobaba el mismo día de enero de 1762 el pase regio o exequator. Ambas medidas suponían una extensión de la regalía de censura en detrimento de la autonomía y discrecionalidad del Santo Oficio, a la vez que reafirmaban la autoridad e independencia del monarca frente a los poderes eclesiásticos. El mensaje era muy claro y muy directo: en materia de impresión y prohibición la Inquisición, y por ende el Papado, quedaban subordinadas a la Corona y a sus instituciones civiles. Roma quedó conmocionada y preocupada ante la radicalidad de esta medida, con lo que puso en marcha una estrategia para persuadir al confesor del rey, padre Joaquín de Eleta, sobre la conveniencia de que se retirar la cédula. Finalmente, se suspendió el 5 de julio 1763.
La tregua duró cinco años, ya que en enero de 1768 Clemente XIII publicó un edicto, conocido como Monitorio de Parma, en el que reclamaba la soberanía de Roma sobre el ducado de Parma y declaraba ilegítima la autoridad de Felipe de Borbón, que era hermano de Carlos III. Esto dio lugar a un nuevo conflicto que se plasmó en la reactivación del exequator (Novísima Recopilación, Lib. II, Tit. III, Ley IX) y en la aprobación de una Real Cédula, ambos con fecha del 16 de junio de 1768. Esta última ley aclaraba y mejoraba la de 1762, pero sobre todo marcaba un punto de inflexión para el ejercicio de la censura inquisitorial, ya que quedaba sujeta a los límites marcados en cinco explícitos puntos:
1. Oír a los autores antes de prohibir sus libros, y si no eran españoles o habían fallecido debería elegir un defensor de probada ciencia.
2. No entorpecer la circulación de los libros, mientras estaban en proceso de calificación. Además, se debían señalar claramente los pasajes a expurgar y dejar el resto a la libre lectura. El expurgo podía ser realizado por el propio autor.
3. La censura de la Inquisición se limitaba a cuestiones de dogma, al buen uso de la religión y a combatir las opiniones laxas contrarias a la moral cristiana.
4. Antes de publicar un edicto había que presentarlo al rey a través del secretario de Gracia y Justicia o similar cargo.
5. No se podía publicar ningún breve o despacho de Roma sin la expresa autorización del Consejo de Castilla.
En definitiva, la aplicación de esta ley implicaba una intervención de facto de la Inquisición, ya que tanto procedimiento interno como la actividad censora quedaban bajo la atenta mirada y supervisión de la autoridad civil. La Corona ampliaba sus regalías en materia de impresión y censura en detrimento de la autonomía y discrecionalidad que había tenido el Santo Oficio, lo que tenía tanta trascendencia política que el legislador se aseguró de que la orden llegara a todas las autoridades de la Monarquía (consejeros, oidores, alcaldes de casa y corte, corregidores, asistentes, gobernadores, etc.) para que la publicaran y difundieran.