Melchor Rafael de Macanaz redactó este texto entre 1734 y 1736 durante su exilio parisino, aunque permaneció inédito hasta que Antonio Valladares lo publicó en 1788. Aun así, Macanaz, que había fallecido en 1760, ya no pudo recibir los elogios y la admiración de su editor, ni experimentar el respaldo tácito del poder a sus ideas y planteamientos.
Don Melchor desarrolló su carrera como jurista y político al servicio de Felipe V, en las primeras décadas del siglo XVIII. Las victorias del ejército borbónico en la Guerra de Sucesión posibilitaron que el abogado recibiera importantes encargos en los reinos de Aragón y Valencia. De hecho, participó en la elaboración del primer decreto de abolición de los fueros fechado el 29 de junio de 1707, lo que unido a sus informes de contenido radicalmente regalistas contribuyeron a granjearse el apoyo de los consejeros franceses del Rey: Orry, Amelot, Robinet y la princesa de los Ursinos. En noviembre de 1713 fue nombrado fiscal general del Consejo de Castilla, cargo desde el que impulsó una reforma que reforzaba sus propias atribuciones en detrimento de las del presidente. Esto despertó muchos recelos dentro y fuera de la institución, con lo que Macanaz se ganó importantes enemigos como el inquisidor general Francesco del Giudice. Sin embrago, el verdadero vuelco en la trayectoria del fiscal se produjo tras el fallecimiento de la reina María Luisa de Saboya en febrero de 1714 y el posterior matrimonio de Felipe V con Isabel de Farnesio, lo que desencadenó la destitución de la camarilla francesa. Sin apoyos en la corte y con un destacado grupo opositor, Macanaz fue destituido en febrero de 1715 tras quince meses en el Consejo. Poco después la Inquisición le abrió una causa general bajo la acusación de herejía, lo que precipitó su salida hacia un exilio en el que permaneció más de tres décadas.
Este fue el contexto vital e intelectual en el que Melchor de Macanaz escribió la Defensa critica de la Inquisición contra los principales enemigos que la han perseguido y persiguen injustamente. Tradicionalmente este título ha sido interpretado como una apología del Santo Oficio con la que el fiscal perseguía obtener el perdón y poder regresar a España. Sin embargo, otros investigadores (Precioso, 2016) enlazan y conectan esta obra con las ideas que ya había expresado el autor cuando ni siquiera la causa general contra él estaba en el horizonte. A finales de 1714 Macanaz y Martín de Miraval, fiscal en el Consejo de Indias, expusieron un plan netamente regalista para la reforma, que no supresión, de la Inquisición: el tribunal quedaba bajo el estricto control del poder real y su jurisdicción restringida al ámbito de lo espiritual. En ningún caso, ni en el plan de reforma ni en la Defensa, se cuestionaba la utilidad de la Inquisición como institución que garantizaba y salvaguardaba la fe. Por tanto, Macanaz, desde París, se dedicó a rebatir los errores en los torticeros e interesados argumentos que algunos (Hereges Calvinistas, Luteranos, y otros) habían difundido por Europa, sobre los métodos y la forma de actuar de la Inquisición.
Desde esta perspectiva, se entiende el interés que en la década de los ochenta tuvo Antonio Valladares por la edición y publicación de las obras del fiscal. El destacado y militante regalismo de Carlos III y sus ministros, que con tanto ahínco promovieron la subordinación de la Inquisición al poder temporal, impulsó la tarea del editor y facilitó la obtención de las licencias de impresión pertinentes. Así, Valladares publicó la Defensa, pero en el Semanario Erudito (1787-1791) editó un buen número de los manuscritos que había dejado Macanaz, lo que implícitamente suponía un reconocimiento póstumo de sus ideas y principios.